В июле 1628 года отряд казаков под предводительством Андрея Дубенского прибыл из Енисейска к месту впадения речки Качи в Енисей. Здесь, построив первые укрепления и отразив набег киргизов, 6 августа (по старому стилю) 1628 года казаки начали сооружать первый острог – малый, как позже назовут его историки.
Ведущий архивист КГКУ «Государственные архивы Красноярского края» В.В. Чернышов сообщает в своей статье, что острог поставили довольно быстро – завершили строительство уже 18 августа.
Есть версия, что первые сооружения острога делали из досок разобранных лодок, на которых казаки добрались до Красного яра. Позже они заготавливали лес для строительства в районе нынешнего Дивногорска и сплавляли его до устья Качи плотами.
Малый острог, построенный Дубенским, представлял собой укрепленную территорию, окружностью более 191 саженей (около 410 м).
Тыновая ограда из вертикально вкопанных и заострённых брёвен сохранялась в малом, а позже и в большом острогах Красноярска при всех последующих перестройках. Ограда была обнесена рвом и валом.
Высота тына малого города составляла «одну сажень, один и три четверти аршина», или около 3,4 метра. В плане острог представлял собой неправильный четырёхугольник. Общая окружность малого острога насчитывала чуть больше 191 сажени (около 410 метров). Острожные стены были усилены пятью башнями, из которых три являлись угловыми. Со стороны Качи по направлению к западу находились Качинская и Угольная башни, а восточная, выходящая к Енисею башня получила название Быковской. Спасская находилась посредине западной стены и контролировала подступы со стороны леса, а Водяная башня размещалась в центре южной стены, через неё открывался выход к Енисею. Спасская башня была шестигранной формы, имела тёплое караульное помещение, выносную часовню и одновременно служила колокольней Преображенской церкви. Казаки жили в рубленных топором избах на высоких жилых или хозяйственных подклетах.
С трудом верится, что такое количество сооружений было построено всего за 12 дней, но многие источники говорят именно о таком сроке: с 6 по 18 августа.
Каждая башня имела по три яруса. Нижние два использовались как складские и служебные помещения, а на верхнем ярусе обычно размещался «огнестрельный наряд» — пушки и стеновые или зачинные пищали. На Спасской башне была установлена зачинная пищаль, стрелявшая картечью, а на Водяной — полковая пищаль, которую заряжали ядрами. Внутри малого острога находились амбар (для хлебных запасов), съезжая (приказная) изба, тюрьма, воеводский двор, баня, за стенами крепости — жилая застройка в пять улиц. Двор воеводы и приказная изба стояли у береговой стены со стороны Енисея. После того как построили Преображенскую церковь (ранее она размещалась в Спасской башне), в Спасской башне устроили часовню и колокольню.
Первоначально важнейшей функцией острога была оборона с юга основных русских поселений Сибири. Енисейские киргизы и подчиненные им племена неоднократно нападали на Красноярский острог и расположенные рядом с ним селения.
Но к началу XVIII века начинается новый этап в истории города. В 1701-1704 годах общими усилиями сибирских городов киргизские племена были разбиты. С этого времени Красноярск перестает быть военным форпостом и становится торгово-ремесленным городом.